Марсель Пруст родился в районе Отёй (фр. Auteuil, пригород Парижа; ныне его XVI округ) 10 июля 1871 года в доме двоюродного дяди Луи Вейля, через два месяца после окончания франко-прусской войны. Его отец, Адриан Пруст — выдающийся врач-эпидемиолог и патолог, профессор медицинского факультета, занимался поисками средств предотвращения распространения холеры в Европе и Азии; был советником французского правительства по борьбе с эпидемией; автором многочисленных статей и книг по медицине и гигиене. Мать, Жанна Вейль — дочь еврейского биржевого маклера.
Весной 1880 года, в возрасте 9 лет Пруст испытал первый приступ астмы, с которой боролся на протяжении всей жизни.
В 1882 году Пруст поступил в лицей Кондорсе. Часто отсутствовал. Выпускные экзамены на звание бакалавра он сдал в июле 1889 года, и был особо отмечен за сочинение по французскому. В лицее Пруст познакомился с Жаком Бизе, сыном композитора, Люсьеном Доде (англ.)русск., сыном романиста, с будущим художником-модернистом Морисом Дени и с будущим поэтом Фернаном Грегом (фр.)русск. (1873—1960).
Вскоре Пруст стал посещать модные литературные и художественные салоны. Учился на юридическом факультете Сорбонны, но курса не окончил. Вёл отдел салонной хроники в газете «Фигаро». Из парижских салонов особую роль в жизни Пруста сыграли три: салон госпожи Штраус (Женевьева Галеви (1849—1926)), вдовы Бизе; салон госпожи де Кайаве, возлюбленной Анатоля Франса; салон Мадам Лемер (1845—1928).
С ноября 1889 Пруст в течение года проходил военную службу в Орлеане. В июне 1895 года он поступил на работу в библиотеку Мазарини, но тут же взял отпуск «за свой счёт», который непрерывно продлевал до 1900 года. В начале 1892 года Пруст с друзьями основал журнал «Пир».
В 1894 году он опубликовал книгу стихов в прозе в декадентском стиле. Книга осталась почти незамеченной, а Пруст обрёл репутацию светского человека и дилетанта. В 1895 году Пруст начал писать большой роман, многие сюжетные линии которого были повторены в «Поисках». Это был «Жан Сантей», работа над которым прервалась в 1899 году и была окончательно оставлена.
В 1896 году Пруст издал сборник новелл «Утехи и дни» (с предисловием Анатоля Франса и иллюстрациями госпожи Лемер). Поэт и романист Жан Лоррен встретил книгу разгромной рецензией, ставшей причиной дуэли между писателем и критиком. Дуэль состоялась в феврале 1897 года в юго-западном пригороде Парижа Мёдоне. Секундантом со стороны Пруста был его друг, художник-импрессионист Жан Беро.
Активное участие в политической жизни Пруст принял лишь однажды, в период «дела Дрейфуса». Он подписал воззвание деятелей культуры о пересмотре приговора, уговорил Анатоля Франса также подписать этот текст. В феврале Пруст присутствовал на процессе Золя.
В 1904—1906 годах Пруст выпустил переводы книг английского художественного критика Джона Рёскина «Библия Амьена» и «Сезам и лилии».
Пруст был гомосексуалом, и как полагают, имел продолжительную связь с пианистом и композитором Рейнальдо Аном[источник не указан 308 дней].
В 1903 году умер отец, а в сентябре 1905 горячо его любившая мать. Пруст получил богатое наследство, но тяжёлая форма астмы вынудила его вести с 1906 года затворнический образ жизни. В самом конце 1906 года Пруст переселился с улицы Курсель (где семья жила с 1900 года) на Бульвар Осман, в квартиру только что умершего дяди Жоржа. В годы Первой мировой войны субсидировал содержание публичного дома для гомосексуалов.
Около 1907 года он начал работу над основным своим произведением — «В поисках утраченного времени». К концу 1911 года первая версия «Поисков» была завершена. В ней было три части («Утраченное время», «Под сенью девушек в цвету» и «Обретённое время»), книга должна была уместиться в двух объёмистых томах. В 1912 году она называлась «Перебоями чувства». Пруст не мог найти издателя, который согласился бы опубликовать её. В конце года отказы прислали издательства «Фаскель» и «Нувель Ревю Франсез» («Галлимар»), а в начале следующего пришёл отказ от «Оллендорфа». Издателем стал Бернар Грассе. Он выпустил книгу (за счёт автора), но потребовал сократить рукопись.
Роман «По направлению к Свану» вышел в ноябре 1913 года и был встречен прохладно и читателями, и критикой. Начавшаяся война, уход Грассе на фронт и закрытие издательства (хотя уже набирался второй том), вынудили Пруста продолжить работу. Три части превратились в пять — «По направлению к Свану», «Под сенью девушек в цвету», «У Германтов», «Содом и Гоморра» (которая распалась на собственно «Содом и Гоморру», в двух частях, «Пленницу» и «Беглянку») и «Обретённое время». В 1919—1927 годах издательство «Галлимар» выпустило все остальные тома.
Хотя Пруст считал, что в 1918 году он завершил книгу, он продолжал усиленно работать и править её до последнего дня своей жизни.
За роман «Под сенью девушек в цвету» 10 декабря 1919 года Прусту была присуждена Гонкуровская премия.
Осенью 1922 года, возвращаясь из гостей, писатель простудился и заболел бронхитом. В ноябре бронхит перешёл в воспаление лёгких.
Марсель Пруст скончался в Париже 18 ноября 1922 года. Похоронен на кладбище Пер-Лашез.
