Отец его служил по лесному ведомству, и Лафонтен провёл детство среди лесов и полей. В двадцать лет он поступил в братство ораторианцев для подготовки к духовному званию, но больше занимался философией и поэзией. По его собственному признанию, увлекался «Астреей» Д’Юрфе. Именно либретто оперы Коласса «Астрея» оказалось последним сочинением Лафонтена (постановка 1691 года обернулась полным провалом).
В 1647 году отец Лафонтена передал ему свою должность и убедил его жениться на четырнадцатилетней девушке, Мари Эрикар. Он очень легко отнесся к своим новым обязанностям, как служебным, так и семейным, и вскоре уехал в Париж, где прожил всю жизнь среди друзей, поклонников и поклонниц его таланта; о семье своей он забывал целыми годами и лишь изредка, по настоянию друзей, ездил на короткое время на родину.
Сохранилась его переписка с женой, которую он делал поверенной своих многочисленных романтических приключений.
На своих детей он так мало обращал внимания, что, встретившись в одном доме со своим взрослым сыном, не узнал его. В Париже Лафонтен имел блестящий успех; Фуке назначил ему крупную пенсию. Жил он в Париже сначала у герцогини Бульонской, потом, когда последняя умерла, и он вышел из её дома, он встретил своего знакомого д’Эрвара (d’Hervart), который предложил ему поселиться у него. «Я как раз туда и направлялся», гласил наивный ответ баснописца.
Версия о том, что в 1659—1665 годах Лафонтен поддерживал приятельские отношения с Мольером, Буало и Расином, выглядит сомнительной. В числе друзей Лафонтена определённо были принц Конде, Ларошфуко, мадам де Лафайет и др.; только к королевскому двору он не имел доступа, так как Людовик XIV не любил легкомысленного, не признававшего никаких обязанностей поэта. Это замедлило избрание Лафонтена во Французскую академию, членом которой он стал только в 1684 году. В ходе «спора о древних и новых» Лафонтен не без колебаний встал на сторону первых. Под влиянием мадам де Саблиер Лафонтен в последние годы жизни преисполнился благочестия и отрёкся от наиболее легкомысленных своих сочинений.
