Русский собиратель фольклора, исследователь духовной культуры славянских народов, историк и литературовед. Надворный советник (1859).
В журналах «Современнике» (1849—1852), «Отечественных записках» (1850—1860), «Архиве историко-юридических сведений о России», издававшемся Калачовым, и некоторых других изданиях им было опубликовано более 68 статей; среди его работ:
«Дедушка домовой», первое его мифологическое исследование (в «Архиве» Калачёва, ч. 1);
«Ведун и ведьма» (в альманахе «Комета», изд. Н. Щепкиным; отдельно, Москва, 1851);
«Языческие предания об острове Буяне» (во «Временнике общ. ист. и древ. росс.», 1858 г., № 9 — здесь он впервые развил свою натурмифологическую систему славянского мировоззрения);
«Зооморфические божества у славян» («Отечественные записки», 1852 г., № 1 — 3);
«Несколько слов о соотношении языка с народными поверьями» (в «Известиях акад. наук по отд. рус. языка и словесности», 1853 г.);
«Русские сатирические журналы 1769—1774 г.» (в «Отечественных записках», 1855 г., № 3, 4 и 6; отдельно, Москва, 1859 — до сих пор остаётся едва ли не лучшей монографией по истории литературы XVIII в.).
В 1858—1859 годах он издавал не нашедший достаточной поддержки журнал «Библиографические записки», где опубликовал:
«Сатиры Кантемира»;
«Н. И. Новиков»;
«Литературная полемика прошлого столетия»;
«Русская книжная торговля» и другие.
В 1860 году Афанасьев издал сборник «Русские народные легенды», который однако был изъят из продажи цензурой. Этот сборник включал 33 рассказа о жизни святых и Христа с точки зрения народа, некоторые оценки были нетрадиционны и расходились с оценками Русской православной церкви, вследствие чего он и был запрещён по настоянию Святейшего Синода.
Сказки с подобным содержанием, а также эротические сказки вошли в сборник «Заветные сказки», рукопись которого А. Н. Афанасьев тайно переправил в Европу. Этот или другой вариант рукописи сейчас хранится в институте русской литературы РАН.
