Родился 1 января 1919 года в Нью-Йорке. Его отец — Соломон Сэлинджер, еврей литовского происхождения, зажиточный оптовый торговец кошерными копчёностями и сырами. Мать, Мириам Сэлинджер (Мэри Джиллик), — шотландско-ирландского происхождения. Дорис, единственная сестра Джерома, была старше его на восемь лет и два месяца.
Отец стремился дать сыну хорошее образование. В 1936 году Джером закончил военное училище в г. Вэлли-Фордж, шт. Пенсильвания. Здесь он сочинил свои первые рассказы. Летом, в 1937 году Джером слушает лекции в Нью-Йоркском университете, в 1937-1938 годах вместе с отцом едет в Австрию и Польшу (здесь в Быдгоще он по указанию отца изучает производство колбас). Вернувшись на родину, в 1938 году он посещает лекции в Урсинус-колледже, шт. Пенсильвания. В 1939 году Сэлинджер поступает в Колумбийский университет, где слушает курс лекций о коротком рассказе, который читал редактор журнала «Стори» У. Бернетт.
Ни одно из высших учебных заведений Джером так и не закончил, не проявив ни особых успехов, ни карьерных устремлений, чем вызвал недовольство отца, с которым он в конце концов рассорился навсегда.
В 1942 году Сэлинджер был призван в армию, закончил офицерско-сержантскую школу войск связи, в 1943 году в чине сержанта был переведён в контрразведку и направлен в г. Нэшвилл, шт. Теннесси. 6 июня 1944 года сержант Сэлинджер в составе отдела контрразведки 12-го пехотного полка 4-й пехотной дивизии участвовал в высадке десанта в Нормандии. Работал с военнопленными, принимал участие в освобождении нескольких концлагерей.
Писательская карьера Сэлинджера началась с публикации коротких рассказов в нью-йоркских журналах. Первую серьёзную известность Сэлинджеру принёс короткий рассказ «Хорошо ловится рыбка-бананка» (1948).
Спустя одиннадцать лет после первой публикации Сэлинджер выпустил свой единственный роман «Над пропастью во ржи» (1951), который встретил дружное одобрение критики и до сих пор сохраняет популярность среди старшеклассников и студентов, находящих во взглядах и поведении героя, Холдена Колфилда, близкий отзвук собственным настроениям. Книга была запрещена в нескольких странах и некоторых штатах США за депрессивность и употребление бранной лексики, но сейчас во многих американских школах входит в списки рекомендованной для чтения литературы. К 1961 году роман был опубликован уже в двенадцати странах, включая СССР, где его напечатали в переводе Риты Райт-Ковалёвой в журнале «Иностранная литература» (№ 11 за 1960 год).
В 60-е годы выходят новеллы «Фрэнни и Зуи» и повесть «Выше стропила, плотники». Героев этих повестей — членов высокоинтеллектуальной, утончённой семьи Глассов — Сэлинджер делает проводниками своих идей — синтеза дзен-буддизма, умеренного мистицизма, нигилизма битников и толстовства.
После того как роман «Над пропастью во ржи» завоевал популярность, Сэлинджер начал вести жизнь затворника, отказываясь давать интервью. После 1965 года он прекратил печататься, сочиняя только для себя, наложил запрет на переиздание ранних сочинений (до рассказа «Хорошо ловится рыбка-бананка») и пресёк несколько попыток издать его письма. В последние годы жизни он практически никак не общался с внешним миром, живя за высокой оградой в особняке в городке Корниш, шт. Нью-Гэмпшир, и занимаясь разнообразными духовными практиками (буддизм, индуизм, йога, макробиотика, дианетика).
Джером Дэвид Сэлинджер умер естественной смертью в своём доме 27 января 2010 года. Информацию о его смерти предоставил сын писателя, информация также была подтверждена его литературным агентом.