В произведении — две сюжетные линии, каждая из которых развива­ется самостоятельно. Действие первой разворачивается в Москве в те­чение нескольких майских дней (дней весеннего полнолуния) в 30-х гг. нашего века, действие же второй происходит тоже в мае, но в городе Ершалаиме (Иерусалиме) почти две тысячи лет тому назад — в самом начале новой эры. Роман построен таким образом, что главы основной сюжетной линии перемежаются главами, составл яющими вторую сюжетную линию, причем эти вставные главы явля­ются то главами из романа мастера, то рассказом очевидца событий Воланда. В один из жарких майских дней в Москве появляется некто Воланд, выдающий себя за специалиста по черной магии, а на самом деле явля­ющийся сатаной. Его сопровождает странная свита: хорошенькая ведь­ма Гелла, развязный тип Коровьев или фагот, мрачный и зловещий Азазелло и веселый толстяк Бегемот, который по большей части пред­стает перед читателем в обличье черного кота невероятных размеров.

Первыми встречаются с Воландом на Патриарших прудах редак­тор толстого художественного журнала Михаил Александрович Берли­оз и поэт Иван Бездомный, написавший антирелигиозную поэму об Иисусе Христе. Воланд вмешивается в их разговор, утверждая, что Христос существовал в действительности. В качестве доказательства того, что есть нечто, неподвластное человеку, Воланд предсказывает Берлиозу страшную смерть под колесами трамвая. На глазах потря­сенного Ивана Берлиоз тут же попадает под трамвай, Иван безуспеш­но пытается преследовать Воланда, а затем, явившись в Массолит (Московская Литературная Ассоциация), так запутанно излагает пос­ледовательность событий, что его отвозят в загородную психиатричес­кую клинику профессора Стравинского, где он и встречает главного героя романа — мастера. Воланд, явившись в квартиру № 50 дома 302-бис по Садовой улице, которую покойный Берлиоз занимал вместе с директором те­атра Варьете Степаном Лиходеевым, и найдя последнего в состоянии тяжкого похмелья, предъявляет ему подписанный им же, Лиходее­вым, контракт на выступление Воланда в театре, а затем выпроважи­вает его прочь из квартиры, и Степа непонятным образом оказы­вается в Ялте.

К Никанору Ивановичу Босому, председателю жилищного товари­щества дома № 302-бис, является Коровьев и просит сдать Воланду квартиру № 50, так как Берлиоз погиб, а Лиходеев в Ялте. Никанор Иванович после долгих уговоров соглашается и получает от Коровьева сверх платы, обусловленной договором, 400 рублей, которые прячет в вентиляции. В тот же день к Никанору Ивановичу приходят с орде­ром на арест за хранение валюты, так как эти рубли превратились в доллары. Ошеломленный Никанор Иванович попадает в ту же клини­ку профессора Стравинского. В это время финдиректор Варьете Римский и администратор Варенуха безуспешно пытаются разыскать по телефону исчезнувшего Лиходеева и недоумевают, получая от него одну за другой телеграммы из Ялты с просьбой выслать денег и подтвердить его личность, так как он заброшен в Ялту гипнотизером Воландом. Решив, что это — ду­рацкая шутка Лиходеева, Римский, собрав телеграммы, посылает Варенуху отнести их «куда надо», однако Варенухе сделать этого не удается: Азазелло и Коровьев, подхватив его под руки, доставляют Варенуху в квартиру № 50, а от поцелуя нагой ведьмы Геллы Варенуха лишается чувств.

Вечером на сцене театра Варьете начинается представление с учас­тием великого мага Воланда и его свиты, фагот выстрелом из писто­лета вызывает в театре денежный дождь, и весь зал ловит падающие червонцы. Затем на сцене открывается «дамский магазин», где любая женщина из числа сидящих в зале может бесплатно одеться с ног до головы. Тут же в магазин выстраивается очередь, однако по оконча­нии представления червонцы превращаются в бумажки, а все, приоб­ретенное в «дамском магазине», исчезает без следа, заставив довер­чивых женщин метаться по улицам в одном белье. После спектакля Римский задерживается у себя в кабинете, и к нему является превращенный поцелуем Геллы в вампира Варенуха. Увидев, что тот не отбрасывает тень, смертельно напуганный, мгно­венно поседевший Римский на такси мчится на вокзал и курьерским поездом уезжает в Ленинград. Тем временем Иван Бездомный, познакомившись с мастером, рассказывает ему о том, как он встретился со странным иностранцем, погубившем Мишу Берлиоза; мастер объясняет Ивану, что встретился он на Патриарших с сатаной, и рассказывает Ивану о себе. Мастером его называла его возлюбленная Маргарита. Будучи историком по об­разованию, он работал в одном из музеев, как вдруг неожиданно вы­играл огромную сумму — сто тысяч рублей. Он оставил работу в музее, снял две комнаты в маленьком домике в одном из арбатских переулков и начал писать роман о Понтии Пилате. Роман уже был почти закончен, когда он случайно встретил на улице Маргариту, и любовь поразила их обоих мгновенно. Маргарита была замужем за достойным человеком, жила с ним в особняке на Арбате, но не лю­била его. Каждый день она приходила к мастеру, роман близился к концу, и они были счастливы. Наконец роман был дописан, и мастер отнес его в журнал, но напечатать его там отказались, однако в газе­тах появилось несколько разгромных статей о романе, подписанных критиками Ариманом, Латунским и Лавровичем. И тут мастер почув­ствовал, что заболевает. Однажды ночью он бросил роман в печь, но прибежавшая встревоженная Маргарита выхватила из огня послед­нюю пачку листов. Она ушла, унося рукопись с собой, чтобы достойно проститься с мужем и утром вернуться к возлюбленному навсегда, однако через четверть часа после ее ухода к нему в окно постучали — рассказывая Ивану свою историю, в этом месте он понижает голос до шепота, — и вот через несколько месяцев, зимней ночью, придя к себе домой, он обнаружил свои комнаты занятыми и отправился в новую загородную клинику, где и живет уже четвертый месяц, без имени и фамилии, просто — больной из комнаты № 118.

В это утро Маргарита просыпается с ощущением, что что-то должно произойти. Утирая слезы, она перебирает листы обгоревшей рукописи, разглядывает фотографию мастера, а после отправляется на прогулку в Александровский сад. Здесь к ней подсаживается Азазелло и передает ей приглашение Воланда — ей отводится роль королевы на ежегодном балу у сатаны. Вечером того же дня Маргарита, раздев­шись донага, натирает тело кремом, который дал ей Азазелло, стано­вится невидимой и вылетает в окно. Пролетая мимо писательского дома, Маргарита устраивает разгром в квартире критика Латунского, по ее мнению погубившего мастера. Затем Маргариту встречает Аза­зелло и приводит ее в квартиру № 50, где она знакомится с Воландом и остальными членами его свиты. В полночь начинается весенний бал полнолуния — великий бал у сатаны, на который приглашены доносчики, палачи, растлители, убийцы — преступники всех времен и народов; мужчины являются во фраках, женщины — обнаженными. В течение нескольких часов нагая Маргарита приветствует гостей, подставляя колено для поцелуя. Наконец бал закончен, и Воланд спрашивает у Маргариты, что она хочет в награду за то, что была у него хозяйкой бала. И Маргарита просит немедленно вернуть ей мастера. Тут же появляется мастер в больничном одеянии, и Маргарита, посовещавшись с ним, просит Во­ланда вернуть их в маленький домик на Арбате, где они были счас­тливы.

Тем временем одно московское учреждение начинает интересо­ваться странными событиями, происходящими в городе, и все они выстраиваются в логически ясное целое: и таинственный иностранец Ивана Бездомного, и сеанс черной магии в Варьете, и доллары Ника-нора Ивановича, и исчезновение Римского и Лиходеева. Становится ясно, что все это работа одной и той же шайки, возглавляемой таин­ственным магом, и все следы этой шайки ведут в квартиру № 50. Обратимся теперь ко второй сюжетной линии романа. Во дворце Ирода Великого прокуратор Иудеи Понтий Пилат допрашивает арес­тованного Иешуа Га-Ноцри, которому Синедрион вынес смертный приговор за оскорбление власти кесаря, и приговор этот направлен на утверждение к Пилату. Допрашивая арестованного, Пилат пони­мает, что перед ним не разбойник, подстрекавший народ к непови­новению, а бродячий философ, проповедующий царство истины и справедливости. Однако римский прокуратор не может отпустить че­ловека, которого обвиняют в преступлении против кесаря, и утверж­дает смертный приговор. Затем он обращается к первосвященнику иудейскому Каифе, который в честь наступающего праздника Пасхи может отпустить на свободу одного из четырех осужденных на казнь преступников; Пилат просит, чтобы это был Га-Ноцри. Однако Каифа ему отказывает и отпускает разбойника Вар-Раввана. На вершине Лысой горы стоят три креста, на которых распяты осужденные. После того, как толпа зевак, сопровождавшая процессию к месту казни, вернулась в город, на Лысой горе остается только ученик Иешуа Левий Матвей, бывший сборщик податей. Палач закалывает измученных осужденных, и на гору обрушивается внезапный ливень.

Прокуратор вызывает Афрания, начальника своей тайной службы, и поручает ему убить Иуду из Кириафа, получившего деньги от Си­недриона за то, что позволил в своем доме арестовать Иешуа Га-Ноцри. Вскоре молодая женщина по имени Низа якобы случайно встречает в городе Иуду и назначает ему свидание за городом в Гефсиманском саду, где на него нападают неизвестные, закалывают его ножом и отбирают кошель с деньгами. Через некоторое время Афраний докладывает Пилату о том, что Иуда зарезан, а мешок с деньга­ми — тридцать тетрадрахм — подброшен в дом первосвященника. К Пилату приводят Левия Матвея, который показывает прокура­тору пергамент с записанными им проповедями Га-Ноцри. «Самый тяжкий порок — трусость», — читает прокуратор. Но вернемся в Москву. На закате солнца на террасе одного из московских зданий прощаются с городом Воланд и его свита. Внезап­но появляется Левий Матвей, который предлагает Воланду взять мас­тера к себе и наградить его покоем. «А что же вы не берете его к себе, в свет?» — спрашивает Воланд. «Он не заслужил света, он за­служил покой», — отвечает Левий Матвей. Через некоторое время, в домик к Маргарите и мастеру является Азазелло и приносит бутылку вина — подарок Воланда. Выпив вина, мастер и Маргарита падают без чувств; в то же мгновение начинается суматоха а доме скорби:скончался пациент из комнаты № 118; и в ту же минуту в особняке на Арбате молодая женщина внезапно бледнеет, схватившись за серд­це, и падает на пол.

Волшебные черные кони уносят Воланда, его свиту, Маргариту и мастера. «Ваш роман прочитали, — говорит Воланд мастеру, — и я хотел бы показать вам вашего героя. Около двух тысяч лет сидит он на этой площадке и видит во сне лунную дорогу и хочет идти по ней и разговаривать с бродячим философом. Вы можете теперь кончить роман одной фразой». «Свободен! Он ждет тебя!» — кричит мастер, и над черной бездной загорается необъятный город с садом, к кото­рому протянулась лунная дорога, и по дороге этой стремительно бежит прокуратор. «Прощайте!» — кричит Воланд; Маргарита и мастер идут по мосту через ручей, и Маргарита говорит: «Вот твой вечный дом, вече­ром к тебе придут те, кого ты любишь, а ночью я буду беречь твой сон». А в Москве, после того как Воланд покинул ее, еще долго продол­жается следствие по делу о преступной шайке, однако меры, приня­тые к ее поимке, результатов не дают. Опытные психиатры приходят к выводу, что члены шайки являлись невиданной силы гипнотизера­ми. Проходит несколько лет, события тех майских дней начинают за­бываться, и только профессор Иван Николаевич Понырев, бывший поэт Бездомный, каждый год, лишь только наступает весеннее празд­ничное полнолуние, появляется на Патриарших прудах и садится на ту же скамейку, где впервые встретился с Воландом, а затем, пройдя по Арбату, возвращается домой и видит один и тот же сон, в кото­ром к нему приходят и Маргарита, и мастер, и Иешуа Га-Ноцри, и жестокий пятый прокуратор Иудеи всадник Понтий Пилат.