Шакарим Кудайбердыулы занимался политикой, был избран в волостные правители. Всерьёз творчеством занялся только с 1898 года, после сорока лет. По определённой системе стал изучать западную и восточную литературу, познакомился с наследием таких поэтов и мыслителей Востока как Хафиз, Физули, Навои, а также с произведениями Байрона, А. С. Пушкина, Л. Толстого. Его перевод Хафиза на казахский остаётся непревзойденным по мастерству и технике, также как блестящий перевод повести Пушкина «Дубровский». Самостоятельно овладел арабским, персидским, турецким, русским языками. В 1903 году он был принят членом Западно-Сибирского отделения Императорского русского географического общества.
В 1906 году совершил хадж в Мекку (совместно с Канапия-кажы — дедом Б. Канапьянова). Посетил Мыср (совр. Египет), Стамбул, работал в библиотеках, пересылая по почте в Семипалатинск приобретённые им книги. Последний период его жизни совпал с революцией 1905—1907 гг., столыпинской реакцией, первой мировой войной, национально-освободительным движением 1916 года в Казахстане, февральской и октябрьской революциями, гражданской войной, установлением советской власти, коллективизацией. Участвовал в национально-освободительном движении «Алаш».
Когда с приходом большевиков к власти речь пошла о разрушении традиционного уклада жизни казахов, Шакарим недоумевал: ради чего, во имя чего и для чего разрушать, а что взамен? А предлагаемые вещи не имели ничего общего с многовековыми национальными ценностями казахского народа. И потому он социалистическую идеологию не принял. Он также всеми фибрами души не воспринимал государство, построенное на силе. И в этих условиях поэт должен был писать стихи и воспевать новый строй. Он предпочёл уйти из такого общества.
С 1922 года Шакарим жил в местечке Шакпан в горах Чингистау в совершенном одиночестве. 2 октября 1931 года он был тайком без суда и следствия расстрелян. Великий талант, большой учёный на долгие годы был забыт. Несмотря на то, что прокуратура бывшего СССР решением от 29 декабря 1958 года реабилитировала Шакарима за отсутствием состава преступления, продолжался запрет на творчество поэта, обвинявшегося в «буржуазном национализме» и прочих нелепых грехах.
При жизни Шакарима были напечатаны такие его книги как «Зеркало казахов», поэмы «Калкаман-Мамыр» и «Енлик-Кебек». Отдельные стихи, статьи, эссе были опубликованы в 1913—1924 годах в журналах «Абай», «Айкап», «Шолпан», в газете «Казах». «Абай» и «Шолпан» напечатали его переводы из Хафиза и поэму Физули «Лейли и Меджнун». Поэтический перевод «Дубровского» и «Метели» А. С. Пушкина были опубликованы в 1936 году в Алматы в журнале «Эдебиет майданы».
Благодаря стараниям известного казахского писателя и литературоведа Мухтара Магауина, который собрал из разрозненных источников и опубликовал в 1973 и 1988 годах наследие Шакарима, творчество поэта и философа вернулось казахскому народу. В 1989 году увидел свет полноценный сборник мыслителя под общим руководством известного ученого Мухаммедрахым Жармухаммед-улы. Первая академическая биография Шакарима была написана видным литературоведом Шамшиябану Сатпаевой. Позже русскоязычный казахстанский поэт Бахытжан Канапьянов перевёл некоторые стихи Шакарима и написал сценарий к фильму «Последняя осень Шакарима», снятого на киностудии «Казахфильм» в 1992 году.
В 2008 году известный казахский прозаик, создатель и главный редактор журнала «Аманат», президент международного клуба Абая Роллан Сейсенбаев презентовал новый трёхтомник Шакарима. Первый том сочинений Шакарима вобрал в себя лирику поэта-философа, отражающую взгляды мыслителя на духовное познание мира. Во второй книге собраны поэмы и проза. Третья книга – это архив сведений и фактов о жизненном пути, творческой деятельности Шакарима и сведения о его потомках. Почтовая марка Казахстана в честь Кудайбердиева, 2008.
Его именем назван Семипалатинский государственный университет имени Шакарима. В ознаменование 150-летия поэта 2008 год был объявлен «Годом Шакарима». В Семипалатинске состоялась международная научно-практическая конференция «Творчество Шакарима в контексте казахской и мировой культуры». На научном форуме состоялось сразу несколько презентаций — энциклопедии «Шакарим», многотомной научной серии «Вопросы шакаримоведения» и документального фильма «Земля Шакарима». В центральном парке города был установлен памятник Шакариму скульптора Ш.-А.Валиханова. Юбилею великого казахского мыслителя свои труды посвятили сразу несколько ученых — последователей творчества Шакарима. В русском переводе вышла книга «Данышпан Шакарим» академика Гарифоллы Есима — «Мудрость Шакарима», посвященная его творчеству, документальная книга «Шакарим» журналиста Даулета Сейсенулы о жизни и творчестве поэта, альбом картин о Шакариме академика Макаша Алиякпарова, а семейчанин Келденбай Олмесеков выпустил альбом с песнями Шакарима. В компакт-диск вошли ранее не известные произведения выдающегося поэта. В 2008 году была выпущена почтовая марка Казахстана, посвященная Кудайбердиеву.
